北投區名之由來,源自境內的番胞「北投社」而得名。清代末期隸芝蘭二堡轄內,日據民國九年,改隸臺北州七星郡北投庄轄域,民國三十年升格為北投街;光復後,民國三十五年一月十六日設北投鎮,隸七星區,同月二十七日成立北投鎮公所。翌年北投隸淡水區。
民國三十八年八月二十六日成立陽明山管理局,北投鎮改隸該局,而行政區仍屬臺北縣。民國五十七年七月一日改隸臺北市,成立「北投區」。